GMP 条款中指的“有效期较短”，是指物料“本身固有的有效期（稳定性周期）短”，而不是指“当前剩余有效期较短”。

从留样目的的逻辑来看：
留样的根本目的是为了调查（Investigation）。当制剂在生命周期内（甚至放行两年后）出现市场投诉、不良反应或内部质量偏差时，QA 需要拿出当年的原辅料留样进行回顾性测试，寻找根本原因。
如果物料“本身有效期短”（例如某些易降解的酶类、活性肽、对温湿度极敏感的辅料，本身有效期只有 6 个月）：
要求将这类物料强制留样到“制剂放行后 2 年”是违背科学常理的。因为 2 年后该物料早就自然降解或彻底变质了，此时去复测它，得到的不合格数据毫无参考价值，无法证明当初投入生产时物料有问题。因此，法规豁免了这类物料，允许“相应缩短”留样期。

国际法规的交叉印证

中国 2010 版 GMP 的很多条款是在参照 WHO 和欧盟 GMP 的基础上制定的。当你对国内 GMP 的中文表述感到模糊时，查阅欧盟 GMP 原文往往能拨云见日。
在 EU GMP Part I Chapter 6 (Quality Control) 第 6.14 条中，对应条款的原文是：
"Reference samples of each batch of starting materials... should be retained for at least two years after the release of the product. This period may be shortened if their period of stability, as mentioned in the relevant specification, is shorter."
这里的用词是 "period of stability"（稳定性周期）。这就非常清晰地表明，法规判定是否能缩短留样时间的唯一标尺，是该物料在质量标准中规定的固有稳定性周期，与你什么时候使用它、它还剩多久过期毫无关系。

物料本身的有效效期，较短是针对某些稳定性较差的物料保存期限可以适当缩短，如效期小于等于一年可以只保留到有效期后一年。

物料本身标识在标签或COA里面的有效期

我的理解：是指物料本身有效期短。

GMP 正文中提及的“物料有效期较短"，是指物料本身有效期短。物料本身有效期是根据稳定性试验等确定的，是物料在规定贮存条件下质量符合标准要求的期限。而物料当前剩余有效期是相对概念，会随时间变化，不能作为判断“有效期较短” 的依据。